Informacija

1.5: Mokslinė nomenklatūra - biologija


Mokslinė nomenklatūra grindžiama taksonomine klasifikavimo sistema. Taksonominė klasifikacija yra hierarchinė sistema, naudojama organizmams klasifikuoti ir lyginti. Šioje sistemoje yra 8 laipsniai, išvardyti žemiau nuo bendriausio (plačiausio) iki konkrečiausio:

1. Domenas

2. Karalystė

3. Pylum

4. Klasė

5. Užsakymas

6. Šeima

7. Genus

8. Rūšis

Prokariotiniai organizmai, tokie kaip bakterijos, gali būti klasifikuojami žemiau rūšies lygio, įskaitant padermę, porūšį, serotipą, morfotipą ar veislę. Taksonominė klasifikacija rodo, kaip glaudžiai susiję organizmai. Pavyzdžiui, du organizmai, turintys tą pačią klasę, yra glaudžiau susiję nei du organizmai, turintys tą pačią kilmę.

Binominė nomenklatūra: Mokslinį organizmo pavadinimą sudaro du žodžiai: genties pavadinimas ir specifinis epitetas. Genties pavadinimas yra pirmas ir visada rašomas didžiosiomis raidėmis; nustačius, jis gali būti sutrumpintas iki vienos raidės. Antrasis žodis yra žinomas kaip specifinis epitetas ir yra ne didžiosiomis raidėmis. Du žodžiai kartu sudaro mokslinį pavadinimą arba rūšies pavadinimą. Gentį galima naudoti atskirai (galite kreiptis į gentį Stafilokokas arba gentis Bacilos), tačiau konkretus epitetas be genties pavadinimo neturi jokios mokslinės reikšmės. Spausdinami moksliniai pavadinimai visada turi būti kursyvu arba pabraukti ir rašant visada turi būti pabraukti. Pavyzdžiui, mokslinis žmonių vardas yra Homo sapiens arba H. sapiens. Mokslinis bakterijos pavadinimas yra Staphylococcus aureus arba S. aureus.

Į mokslinį pavadinimą dažnai įtraukiamas organizmo savybių aprašymas. Mokslinis pavadinimas Staphylococcus aureus nurodo šiai bakterijų genčiai priklausančių atskirų ląstelių morfologiją ir išsidėstymą (stafilokokas = sferos grupėse), taip pat pasako, kad S. aureus dažnai auga auksinės spalvos kolonijose („aureus“). Nors moksliniai pavadinimai kartais yra aprašomieji, šie aprašymai gali būti apgaulingi. Pavyzdžiui, Haemophilus gripas yra bakterija (ne virusas) ir nesukelia gripo.


Biologinė nomenklatūra

Vieningo požiūrio į biologinę nomenklatūrą poreikis jau seniai pripažintas, ir tai ypač rūpėjo Tarptautinei biologijos mokslų sąjungai. Suderinti veiksmai šiai problemai spręsti atsirado iš simpoziumo, įvykusio 1985 m. Tarptautinio sisteminės ir evoliucinės biologijos kongreso metu. Kodai kyla dėl biologijos kaip disciplinos suvienodinimo ir dėl to kilusių sunkumų mokant nomenklatūros, neatitikimo tarp Kodai ir dabar pripažintos gyvenimo karalystės, vartotojų poreikiai didesniam vardų stabilumui, sistemininkų poreikiai mažiau laiko skirti nomenklatūrai ir sunkumai, su kuriais susiduria besivystančios šalys. Be to, esamas Kodai nustatė, kad jiems tenka susidurti su panašiomis problemomis, pavyzdžiui, dėl elektroninio paskelbimo, gyvų pavadinimų tipų, organizmų, kuriuos galima gydyti skirtingai Kodai priklausomai nuo to, ar jie buvo interpretuojami kaip gyvūnai, ar augalai, saugomi vardų sąrašai ir naujai siūlomų pavadinimų registracija.

Judėjimas harmonizavimo link vyksta trimis kryptimis: terminijos harmonizavimas (žr. II lentelę), įtraukiant panašias nuostatas į visus Kodai kur susiduriama su naujomis problemomis ir kuriama vieninga Kodas tai būtų taikoma visų rūšių organizmams. 1995 m. IUBS ir Tarptautinė mikrobiologinių draugijų sąjunga - dvi institucijos, kurios tarpusavyje prižiūri visas penkias Kodai, bendrai įsteigė Tarptautinį bionomenklatūros komitetą šioms iniciatyvoms skatinti. Šis komitetas, kurį sudaro už penkis organizmus atsakingų institucijų atstovai Kodai, išdavė a Biokodo juodraštis: Būsimos tarptautinės organizmų mokslinių pavadinimų taisyklės diskusijai 1996 m.

The Biokodo juodraštis, gavus atitinkamų įgaliotų institucijų pritarimą, planuojama veikti pavadinimams, įvestiems po datos, dėl kurios turi būti susitarta, ir grupėms, kuriose yra saugomų pavadinimų sąrašai. Anksti buvo pripažinta, kad viena retrospektyva Kodas per daug trikdytų naudojamus pavadinimus. Esamas Kodai todėl ir toliau būtų taikomi iki tos datos įvestiems pavadinimams, tačiau tikimasi, kad jie priims bendrą terminiją ir panašų požiūrį į naujas problemas. Tarp nuostatų Biokodo juodraštis yra pavadinimų koordinatės statuso priėmimas, reikalavimas, kad aprašymai ir diagnozės būtų anglų arba lotynų kalba, nuostata dėl elektroninio paskelbimo, naujai siūlomų vardų registracija, homonimų nepriimtinumas ir vardų išsaugojimas arba atmetimas siekiant skatinti stabilumą. Pradinis taškas naujam Kodas bus saugomų pavadinimų sąrašai, kurių negalima pakeisti neįtrauktais į sąrašus vardais, bus sukurta atviresnė ir stabilesnė sistema, o tai kartu sutrumpins sistemininkų reikalaujamą laiką.

Diskusijos dėl naujausios versijos Biokodo juodraštis įvyko 1998–1999 m., o galutiniai tarptautinių institucijų sprendimai dėl įgyvendinimo nebus priimti keletą metų 2005 m. Tarptautiniame botanikos kongrese botanikos atveju.


Rūšių klasifikacija: mokslinė klasifikacija, porūšis ir rūšių identifikavimas

Tradicinėje klasifikacijoje arba filogenetikoje rūšis yra sistemingo taksono bazė, kurios rangas yra šiek tiek žemiau tipo.

Mokslinė klasifikacija

Pagal mokslinę klasifikaciją, gyvenanti ar gyvenusi rūšis yra paskirta laikantis binominės nomenklatūros taisyklių, kurias XVIII amžiuje nustatė Carlas von Linne'as. Pagal šią klasifikaciją rūšies pavadinimas susideda iš dvinario lotyniško pavadinimo, jungiančio žanrą su vienu ar dviem specifiniais epitetais. Kai tik įmanoma, po pavadinimo nurodomas sutrumpintas (botanikoje) arba pilnas (zoologijoje) autoriaus vardas, kuris pirmą kartą aprašė rūšį tokiu pavadinimu. Rūšies pavadinimas yra visas binomas, o ne tik konkretus epitetas.

Pavyzdžiui, žmonės priklauso Homo genčiai ir Homo sapiens rūšiai.

Moksliniai pavadinimai yra „garsiosios“ lotynų kalbos ir parašyti kursyvu. Gentis rašoma didžiosiomis raidėmis, o originalus specifinis epitetas yra tik mažosiomis raidėmis. Kai cituojama autoriaus pavardė, ji kursyvuojama.

Kai gentis žinoma, bet rūšis nenustatyta, įprasta kaip epitetą naudoti laikiną lotyniškų rūšių santrumpą „sp.“ Po genties pavadinimo. Kai norite įvardinti kelias rūšis arba visas genties rūšis, tai santrumpa „spp.“ (Dėl rūšių pliuralizmo). Panašiai „porūšis“ sutrumpinamas kaip „ssp“. (Porūšiams) ir „sspp“. Daugiskaita (pliuralizmui). Šios santrumpos visada rašomos romėniškomis raidėmis.

Binominė nomenklatūra ir kiti formalūs biologinės nomenklatūros aspektai yra „Linneo sistema. Ši nomenklatūros sistema buvo naudojama apibrėžti unikalų kiekvienos rūšies pavadinimą, galiojantį visame pasaulyje, skirtingai nuo liaudies klasifikacijos.

Porūšis


Wagtail, Motacilla alba alba


Yarrell Wagtail, Motacilla alba yarrellii

Vagoniai Abu patinai buvo apibūdinti kaip du skirtingi rūšies porūšiai: Motacilla alba.

Tam tikros rūšies porūšis yra individų grupė, kuri yra izoliuota (geografiniu, ekologiniu, anatominiu ar jutimo požiūriu) ir išeina už dabartinio rodiklio rūšies geno ribų.

Po kurio laiko ši asmenų grupė, turinti specifinių bruožų, išskiriančių etalonines rūšis. Šie simboliai gali būti nauji (pvz., Atsiradę po mutacijos) arba nustatyti būdingą rodiklio rūšies kintamąjį.

Skirtingi porūšiai dažnai sugeba juos atgaminti, nes jų skirtumai (dar) nėra pakankamai ryškūs, kad sudarytų reprodukcinę kliūtį.

Galima suabejoti porūšio apibrėžimo pagrįstumu, kad žinant rūšies apibrėžimą lieka sklandu ir prieštaringa. Čia taip pat yra visos rūšies apibrėžimo sąlygos, kurios taip pat taikomos porūšiui.

Rūšių identifikavimas

Carlas von Linne'as, identifikavęs XVIII a. Apie 67 000 skirtingų rūšių. Šiandien niekas negali tiksliai nustatyti rūšių skaičiaus planetoje.

Nors apskaičiuota, kad nuo 5 iki 30 milijonų gyvų rūšių planetoje buvo moksliškai aprašyta tik 1,5–1,8 milijono rūšių (liudija apie sunkumus, su kuriais susiduria rūšis. Šis skaičius nėra aiškus). Jūrų rūšys sudaro tik 13% visų aprašytų rūšių, maždaug 275 000, iš jų 93 000 yra vienintelės koralų rifų ekosistemos

Didžioji dauguma neapibūdintų rūšių yra vabzdžiai (nuo 4 iki 100 milijonų rūšių, remiantis skaičiavimais, kurie daugiausia gyvena atogrąžų miškų, Nemathelminthes (arba apvaliųjų kirmėlių: nuo 500 000 iki 1 000 000 'rūšių), prokariotų (Arche ir Eukarya) ir eukariotiniai vienaląsčiai organizmai: pirmuonys arba Protophyta kai kurie buvę grybai, dabar priskiriami Straménopiles arba Myxomycetes (dabar priskiriami kelioms protistų grupėms).

Remiantis 2006 m. Raudonuoju IUCN sąrašu ir naujausiais duomenimis, aprašytas gyvas rūšis galima suskaidyti taip:

Aprašytos rūšys ir neaprašytos kai kurios gyvenimo grupės
312 655 augalai, įskaitant:
25 000 dumblių,
15 000 samanų,
13 025 paparčiai,
980 gimnazijų,
199 350 plačialapiai,
59 300 vienaląsčių
74 000–120 000 grybų, įskaitant:
32 000 ascomycetes,
17 000 bazidomicetų
10 000 kerpių
1 500 000 gyvūnų:
30 000 pirmuonių,
1 440 000 bestuburių, įskaitant:
1 100 000 nariuotakojų, 950 000 vabzdžių 80 000 vorų 55 000 vėžiagyvių 13 000 myriapodų.
120 000 moliuskų 100 000 pilvakojų 15 000 dvigeldžių 850 galvakojų.
80 000 apvalių kirminų
20 000 plokščiųjų kirminų (75% parazitų)
15 000 antakių
10 000 cnidarų
9 000 kempinių
7 000 dygiaodžių
5 700 bryozoans
2 500 tunikų
60 516 stuburinių gyvūnų:
108 Agnatha (žiobriai ir jūrų žuvys)
900 kremzlinių žuvų (ryklių, spindulių ir chimerų)
30 000 kaulų žuvų
5 743 varliagyviai
8 240 roplių,
10 234 paukščiai,
5 416 žinduolių.

Kasmet aprašoma apie 16 000 naujų rūšių, iš kurių 1 600 jūrų rūšių. Maždaug 10 rūšių kasmet išnyksta natūraliai (t. Edwardas O. Wilsonas šį skaičių skaičiuoja keliais tūkstančiais per metus. Remiantis 2005 m. Tūkstantmečio ekosistemos vertinimu, dabartinis rūšių išnykimo greitis yra bent 1 000 kartų didesnis už natūralų, apskaičiuotą per pastaruosius 10 milijonų metų.


Kupono medžiaga

Taksonominei analizei naudojami pavyzdžiai, kai tik įmanoma, turėtų būti saugomi atitinkamose mokslinėse kolekcijose, jei yra įrodymų, kad yra pakankamai išteklių, kad medžiaga būtų geros būklės. Atitinkamų kolekcijų pavyzdžiai yra muziejų ir universitetų kolekcijos arba privačios kolekcijos, turinčios pakankamai išteklių kolekcijoms nuolat prižiūrėti ir tvarkyti.

Pavyzdžiai turėtų turėti identifikuojančius katalogo numerius (kurie turėtų būti nurodyti rankraštyje), kad mokslo bendruomenei būtų lengvai prieinama, kad vėliau jie būtų ištirti ir patikslinti.

Pavardę turintys pavyzdžiai [holotipas, sintetai, lektotipas ir neotipas, žr. Tarptautinis zoologijos nomenklatūros kodeksas (ICZN, 1999)] taksonų, kurie aprašyti Žuvų biologijos žurnalas kaip naujas mokslas turi būti deponuojamas institucijose, kurios gali atitikti 72F.1-5 rekomendacijas Tarptautinis zoologijos nomenklatūros kodeksas (ICZN, 1999) už institucinę atsakomybę. Pasirinktas pavadinimų pavyzdžių deponavimo institutas turėtų sugebėti artimiausiu metu vykdyti šias pareigas. Autorių nuožiūra paratipo serija gali būti platinama daugiau nei vienai institucijai. Pavyzdžiui, kai paratipo serijoje yra daug egzempliorių, seriją galima suskirstyti į du ar daugiau reprezentatyvių pavyzdžių, kurių kiekvienas susideda iš kelių pavyzdžių, kurie yra deponuojami skirtingose ​​institucijose. Taip pat rekomenduojama, kad tipo medžiaga būtų deponuojama įstaigose, kuriose jau yra daug susijusių rūšių rūšių, kad vėliau būtų lengviau tyrėjams kartu peržiūrėti lyginamąją medžiagą (arba lankantis įstaigoje, arba paprašius vieno paskolos paketo) iš tos institucijos).

Institucinės santrumpos, naudojamos rankraščiuose, turėtų atitikti standartinius kodo pavadinimus, pateiktus Fricke & Eschmeyer (2010).


Mokslinė klasifikacija

Klasifikacija arba taksonomija yra gyvų būtybių kategorizavimo sistema. Sistemoje yra septyni skyriai: (1) karalystė (2) kilmė arba skyrius (3) klasė (4) ordinas (5) šeima (6) gentis (7) rūšys.

Karalystė yra plačiausias padalijimas. Nors mokslininkai šiuo metu nesutaria, kiek yra karalystių, dauguma palaiko penkių karalystių (Animalia, Plantae, Protista, Monera ir Fungi) sistemą. Žemiausias padalijimas yra rūšis, kurią sudaro organizmai, galintys susikeisti, kad gautų derlingus palikuonis. Rūšys identifikuojamos dviem pavadinimais (binominė nomenklatūra). Pirmasis vardas yra gentis, antrasis - rūšis.

Pavyzdžiui, liūtas yra Panthera Leo, tigras yra Panthera tigris. Pirmasis žodis visada rašomas didžiosiomis raidėmis, antrasis - ne, ir abu jie turėtų būti kursyvu. Žmonės, žinoma, yra Homo sapiens. Visa liūto klasifikacija būtų tokia: Karalystė, Animalia (gyvūnai) Phylum, Chordata (stuburiniai gyvūnai) Klasė, Žinduoliai (žinduoliai), Karnivora (mėsėdžiai) Šeima, Felidae (visos katės) Genus, Panthera (puikios katės) Rūšis , liūtas (liūtai).


Susiję straipsniai

Jo procesas ir toliau naudojamas šiandien, nors jis buvo patobulintas ir atsirado organizacijų, kurios valdytų mokslinių pavadinimų kūrimą.

Moksliniai pavadinimai gali atrodyti keistai, nes jie dažnai yra lotynų arba graikų kalbomis, tačiau jei pažvelgsite į terminų etimologiją, moksliniai pavadinimai dažnai yra dar labiau apibūdinantys nei įprasti pavadinimai, kuriuos mes suteikiame florai ir faunai. Ir tai turi prasmę: vienas mokslinės nomenklatūros tikslas yra glaustai apibūdinti konkretų, unikalų padarą.

Tai neslopino mokslininkų kūrybiškumo ir yra keletas linksmų, kūrybingų ir menkų mokslinių pavadinimų. Tačiau moksliniai pavadinimai nebūtinai turi būti beprotiški, kad būtų linksmi. Štai keletas mano mėgstamiausių būtybių, kurių pavadinimai išryškina mokslinių pavadinimų aprašomąją galią.

Pasidalykite savo mėgstamais moksliniais vardais komentaruose!

Juodapėdis šeškas

Juodaspėdis šeškas vėl įtraukiamas į istorinę prerijų buveinę rytiniame Kolorado valstijoje, Walkerio rančoje. Nuotrauka © Chris Pague/TNC

Dauguma mokslinių pavadinimų yra aprašomieji ir šis tinka juodajam šeškui, beveik tiksliai išverstas į bendrą pavadinimą juodakojis šeškas.

Mustela yra lotyniškai žebenkštis (taigi ir į vėžlius panašių žinduolių šeimos vardas yra Mustelidae). Rūšių pavadinimas, nigripes, kilęs iš lotynų kalbos Nigeris juodai ir pes už pėdą. Yra išdidi tradicija (bent jau senovės graikų kalba) pavadinti daiktus pagal kojas, suteikianti mums daug mokslinių ir bendrų pavadinimų-nuo aštuonkojo (aštuonkojo) iki plekšnio (plokščio ar plačiapėdžio).

Juodkojai šeškai yra labiausiai nykstantis žinduolis JAV, todėl jų taip mažai, kad kadaise buvo manoma, kad jie išnyko. Tikimasi, kad jie sugrįš sėkmingai vykdydami pakartotinio įvedimo programą.

„Western Diamondback Rattlesnake“

Vakarinė deimantinė barškuolė Arizonoje. Nuotrauka © Paul Berquist

Moksliniai pavadinimai neturi būti gilūs. Šis mokslinis pavadinimas yra tiek apie garsą ir žmogaus atsaką į vakarinę deimantinę barškuolę, tiek apie jos išvaizdą.

Gentis Crotalus kilęs iš graikų κρόταλον, barškučio ar kito triukšmą keliančio, ir rūšis atrox lotyniškai reiškia nuožmią ar bauginančią (nors ir mažai grasina rūpestingiems žmonėms, bet į visų rūšių barškučius nuo pat pradžių buvo žiūrima su baime).

Galbūt pastebėjote, kad ne visi moksliniai pavadinimai laikosi tik vienos kalbos - daugelis maišo graikų ir lotynų kalbas, o kai kurie naujesni pavadinimai remiasi regiono, kuriame sutinkamas padaras, kalba.

Plikas erelis

Plikas erelis sėdi ant medžio. Nuotrauka © Scott Copeland

Nuo tada, kai mokiau graikų kalbos, mėgstu mokslinį plikojo erelio pavadinimą. Jis ne tik naudoja keturis pagrindinius graikų kalbos žodžius, bet ir mano, kad tai geriau nei „plikas erelis“ apibūdina paukštį.

Gentis yra grubus transliteracija iš graikų kalbos ἁλιαίετος, reiškiančio jūrinį erelį, kuris dar labiau suskaidomas į ἅλς (halus) druskai-dažnai metaforiškai naudojama jūroje ir ἀετός-ereliui. Rūšis yra λευκός junginys, ryškus arba baltas, ir κεφαλή, galva. Sudėkite jį ir turėsite baltagalvį jūrinį erelį, tikslesnį nei „plikas“.

Žmones ilgą laiką sužavėjo ikoninė erelių didybė. Senovės Graikijoje ereliai buvo Dzeuso paukštis ir, žinoma, plikasis erelis yra JAV nacionalinis paukštis.

Monarchas drugelis

Monarcho drugelio portretas, renkantis nektarą iš žydinčio aukso lazdelės, Masačusetsas. Nuotrauka © Cheryl Rose

Moksliniai pavadinimai, kurie yra kūrybiškesni, arba pagarba garsenybei, prasidėjo ne nuo Beyoncé arklio musės. Jie grįžta prie paties Linnaeus ir drugelių Danaus genties.

Kai pirmą kartą pamačiau Danaus kaip genties pavadinimą, susimąsčiau, koks šių drugelių ryšys su mitiniu karaliumi Δαναός (Danaus), geriausiai žinomu iš Aischilo Tiekiančios moterys. Visuose Danaus mituose 50 dukterų yra priverstos tuoktis su savo pusbroliais, bet Danui įsakius nužudyti vyrus miegant. Visi, išskyrus vieną, Hypermestra, kuris taupo savo vyrą Lynceus.

Nors tai buvo vienodai paslaptinga kalbant apie monarcho drugelį, iš karto nesupratau, kad πλήξιππος (plexippus), graikų kalba reiškia arklių vairuotojas, taip pat buvo vardas. Plexippus buvo vienas iš 50 Aegyptus sūnų, kurie tą mirtiną naktį buvo nužudyti.

Dėl nuorodos Vikipedijoje man pavyko surasti puslapį, kuriame Linnaeus pažymi, kad jis pasiskolino visus Danai candidi (Danaus drugeliai su balkšvais sparnais) iš Danaus dukterų ir Danai festivi (Danaus drugeliai spalvingesniais, įvairesniais sparnais) iš Aegyptus sūnų.

Deja, Linnaeusas nepaaiškino, kodėl pasirinko šiuos vardus - geriausiai spėju, kad skaičiai gerai pasiteisino, o drugeliai atrodė karališkai, kaip ir mūsų bendrame pavadinime „monarchas“. Nors pavadinimo priežastis lieka paslaptis, mokslas padarė didelę pažangą, kad suprastų priežastis, dėl kurių neseniai sumažėjo monarchų populiacija, ir yra keletas paprastų būdų, kaip padėti jiems atsigauti.

Raudonoji panda

Raudonoji panda Sinsinačio zoologijos sode. Nuotrauka © Greg Hume / „Wikimedia“ per „Creative Commons“ licenciją

Tai mano asmeninis mėgstamiausias ne tik todėl, kad raudonos pandos yra, taip, neįtikėtinai mielos. Tai taip pat yra puikus vardas.

Ailurus gentis kilusi iš graikų αἴλουρος, skirta naminėms katėms. Raudonosios pandos yra maždaug katės dydžio ir aš matau panašumą, dėl kurio atsirado šis vardas, nors genetinis ryšys tarp kačių ir pandų yra tolimas. Panašumas į katę yra pakankamai artimas, kad jis būtų paimtas iš kitų raudonųjų pandų bendrųjų vardų-raudonojo lokio katės.

Perėjimas prie lotynų kalbos pavadinimo, fulgens lotynų literatūroje reiškia mirksėjimą ar blizgesį, o ne bet kokį blyksnį fulgens ir susiję žodžiai dažnai naudojami ugniai ir apšvietimui apibūdinti. Toks spindesys, kuris sukelia baimę ir galbūt šiek tiek baimės, gražus raudonos pandos puikaus kailio aprašymas. Tai taip pat primena šiuolaikinę raudonosios pandos slapyvardį - „Firefox“.

Liza mėgsta viską, kas yra piliečių mokslas, ir mėgsta sužinoti apie viską, kas vyksta ant keturių kojų, dviejų sparnų ar peleko - ji net randa šešių ir aštuonkojų žvėrių, žavinčių saugiu atstumu. Ji yra įgijusi klasikinės literatūros ir kalbų daktaro laipsnį Viskonsino universitete - Madisone, laisvalaikiu mėgsta skaityti graikų ir romėnų literatūrą arba kalbėti apie mitologiją. Daugiau iš Lizos


Nuorodos

Ban, N. C. ir kt. Įtraukite vietinių perspektyvas, kad galėtumėte atlikti veiksmingus tyrimus ir efektyviai valdyti. Nat. Ecol. Evol. 2, 1680–1683 (2018).

Lyveris, P. O. B. ir kt. Pagrindinės biokultūrinės vertybės, kuriomis vadovaujamasi atkūrimo veiksmuose ir planavime Naujojoje Zelandijoje. Restor. Ecol. 24, 314–323 (2016).

Veale, A. J. ir kt. Naudojant te reo Māori ir ta re Moriori taksonomijoje. N.Z. J. Ecol. 43, 1–11 (2019).

Nielsen, S. V., Bauer, A. M., Jackman, T. R., Hitchmough, R. A. & amp. Daugherty, C. H. Naujosios Zelandijos gekonai (Diplodactylidae): paslaptinga įvairovė post-Gondvanos linijoje su trans-Tasmano giminėmis. Mol. Phylogenet. Evol. 59, 1–22 (2011).

Turland, N. ir kt. Tarptautinis dumblių, grybų ir augalų nomenklatūros kodeksas (Šendženo kodeksas), priimtas devynioliktame tarptautiniame botanikos kongrese Šendžene, Kinija, 2017 m. Liepos mėn.. (Koelco botanikos knygos, 2018).

Ride, W. D. ir kt. Tarptautinis zoologijos nomenklatūros kodas. 4 -asis leidimas, (Tarptautinis zoologijos nomenklatūros trestas, Gamtos istorijos muziejus, 1999).

van der Sleen, P. ir Albertas, J. S. Lauko vadovas po Amazonės, Orinoko ir Gvianos žuvis. (Prinstono universiteto leidykla, 2018).


Tikrinimas ir patvirtinimas pagal tipo pavyzdžius

Norint tiksliai nustatyti tam tikru pavadinimu nurodytą organizmą, paprastai reikia daugiau nei paprasčiausiai perskaityti aprašymą ar taksono, kuriam taikomas šis pavadinimas, apibrėžimą. Naujos formos, kurios galėjo tapti žinomos nuo aprašymo parašymo, gali skirtis pagal iš pradžių nenagrinėtas savybes, arba vėliau darbuotojai, apžiūrėję originalią medžiagą, gali atrasti, kad pirminis autorius netyčia supainiojo dvi ar daugiau formų. Negalima garantuoti, kad jo aprašymas bus išsamus visą laiką. Norint patvirtinti vardo naudojimą, reikia ištirti originalų pavyzdį. Todėl jis turi būti aiškiai nurodytas.

Vienu metu autoriai savo aprašymus galėjo paimti iš daugybės egzempliorių arba iš dalies (ar net visiškai) iš kitų autorių aprašymų ar figūrų, kaip tai dažnai darė Linnaeus. Didžioji dalis ginčų dėl tam tikrų šiuo metu naudojamų pavadinimų galiojimo, ypač XVIII a. Pabaigos, kyla iš sunkumų nustatant originalių autorių naudojamos medžiagos tapatybę. Šiuolaikinėje praktikoje naujos rūšies ar porūšio pavadinimui turi būti paskirtas vieno tipo egzempliorius. Tipas visada turėtų būti patalpintas patikimoje viešojoje įstaigoje, kur jis gali būti tinkamai prižiūrimas ir prieinamas taksonomams. Daugelio mikroorganizmų tipinės kultūros palaikomos kvalifikuotose įstaigose. Tačiau dėl trumpo mikroorganizmų generavimo laiko jie laikymo metu iš tikrųjų gali išsivystyti.

Įvairių tipų egzemplioriams taikoma sudėtinga nomenklatūra. Holotipas yra vienas pavyzdys, paskirtas pirminio formos aprašytojo (tik rūšis ar porūšis) ir prieinamas tiems, kurie nori patikrinti kitų egzempliorių būklę. Kai nėra holotipo, kaip dažnai būna, neotipą parenka ir taip nurodo kas nors, kas vėliau peržiūri taksoną, o neotipas užima holotipo poziciją. Pirmasis teisėtai paskirtas tipas turi pirmenybę prieš visus kitus tipo egzempliorius. Paratipai yra pavyzdžiai, naudojami kartu su holotipu, originaliai nurodant naują formą, jie turi būti tos pačios serijos dalis (t. Y. Surinkti toje pačioje vietoje ir tuo pačiu metu) kaip ir holotipas.

Taksonui, viršijančiam rūšies lygį, tipas yra kito žemesnio rango taksonas. Pavyzdžiui, genčiai tai yra rūšis. Nuo genties lygio iki superšeimos yra taisyklės dėl grupės pavadinimo sudarymo iš tipo grupės pavadinimo. Gentis Homo (žmonės) yra, pavyzdžiui, Hominidae šeimos rūšies gentis, o kodas draudžia jį pašalinti iš Hominidae šeimos tol, kol Hominidae yra laikoma galiojančia šeima ir vardas Homo taksonomiškai galioja. Nepriklausomai nuo likusio turinio, šeima, kurioje yra gentis Homo turi būti hominidai.

Neprivalomas rinkimas šiandien yra mažai naudingas, tačiau didžiuliai Žemės plotai vis dar yra mažai žinomi biologiniu požiūriu, bent jau tiek, kiek tai susiję su daugeliu grupių, ir vis dar yra daug grupių, kurių mažas tinkamai surinktų ir paruoštų pavyzdžių skaičius neleidžia atlikti jokios nuodugnios taksonominės analizės. . Net ir gerai ištirtose grupėse, pavyzdžiui, aukštesniuose stuburiniuose gyvūnuose, naujiems medžiagos analizės metodams dažnai reikia specialaus surinkimo. Norint nustatyti rūšių ar populiacijų skirtumus, gali tekti ištirti daugiau egzempliorių, nei yra, net jei (kaip įprasta) specialistas gali panaudoti daugelio institucijų medžiagą. Paprastai surinkimas atliekamas siekiant užpildyti spragas (geografinėje zonoje, geologinėse formacijose ar taksonominėse kategorijose), kurias jau atskleidė specialistai, peržiūrintys turimą medžiagą. Gerai informuotas gyvų daiktų kolekcionierius žino, kur eiti, ko ieškoti ir kaip pastebėti ką nors ypač vertingo ar nepaprasto.

Tikrosios surinkimo ir išsaugojimo technikos įvairiose organizmų grupėse labai skiriasi - dirvožemio pirmuonys, grybai ar pušys nėra nei renkamos, nei saugomos taip, kaip paukščiai. Kai kuriuos gyvūnus galima konservuoti tik esant silpnam alkoholiui, tačiau kiti jame maceruoja (suyra). Kai kurie sliekai, „užkonservuoti“ silpname alkoholyje, juos tiesiog ištraukia iš savo odos. Po ilgametės patirties naudojami specialūs metodai, siekiant išsaugoti taksonomijos ypatybes. Kai kurie metodai apsunkina mėginių stebėjimą. Tai ypač pasakytina apie medžiagą, kuri turi būti padalinta į gabalus arba kitaip pagaminta į preparatus, tinkamus mikroskopiniam stebėjimui.

Surinkus ir išsaugojus taksonominę medžiagą, jos vertė gali būti prarasta, nebent ji būtų tiksliai ir visiškai paženklinta. Tik retai bet kokios paskirties nepažymėta ar nepakankamai paženklinta medžiaga. Taksonomas paprastai turi žinoti kiekvieno pavyzdžio (ar egzempliorių partijos) surinkimo vietą, dažnai buveinę (pvz., Miško tipą, pelkę, jūros vandens tipą), datą, surinkėjo pavadinimą ir pirminį lauko numerį duodamas egzemplioriui ar partijai. Prie šios informacijos pridedamas kolekcijos katalogo numeris ir lytis (jei lauke dar nenustatyta ir jei reikia). Mokslinė pavyzdžio tapatybė, kurią nustato pripažintas specialistas, paprastai pridedama prie etiketės muziejuje. Taip pat įtrauktas pavyzdį identifikavusio specialisto vardas. Vėlesni klasifikacijos pakeitimai ir papildomos žinios apie organizmą vėliau gali pakeisti mokslinį pavadinimą, tačiau originalios etiketės vis tiek turi būti paliktos nepakitusios.

Taip pat gali prireikti kitos informacijos. Pavyzdžiui, kai kurių vabzdžių grupių patinai ir patelės yra labai skirtingos išvaizdos, todėl gali tekti nustatyti tos pačios rūšies patinus ir pateles. Poros užfiksavimas laukinėje gamtoje, faktiškai kartu, suteikia tvirtą (bet, stebėtinai, ne visišką) požymį, kad patinas ir patelė priklauso tai pačiai rūšiai. Kiekvieno egzemplioriaus etiketės (jei jos yra atskirtos) nurodo mėginį, su kuriuo jis buvo poravimasis.


Nuoseklumas

Viena iš pagrindinių mokslinio rašymo taisyklių yra nuoseklumas. Nepriklausomai nuo pasirinkto mokslinio ar bendro pavadinimo, turite išlaikyti nuoseklumą. Ruošdami rankraščius visada patikrinkite autoriaus gaires. Citatų ir nuorodų, antraščių ir skyrių išdėstymo formatai gali būti skirtingi. Būkite tikri, kad mokslinių pavadinimų rašymo formatas yra suderinamas tarptautiniu mastu, nepaisant numatomo žurnalo. Aukščiau pateiktos taisyklės padės.

Matote, kad bendras jūsų tiriamos rūšies pavadinimas gali skirtis priklausomai nuo geografinės vietovės. Kurį naudojate ir kodėl? Su kokiais kitais iššūkiais susiduriate naudodami mokslinę nomenklatūrą? Prašome pasidalyti savo mintimis su mumis žemiau esančiame komentarų skyriuje.


Biotransformacija

P.I. Mackenzie,. J.O. Kalnakasiai, išsamioje toksikologijoje, 2010 m

4.20.2 UDP-gliukuronoziltransferazės nomenklatūra

Kaip rekomendavo HUGO genų nomenklatūros komitetas, UGT buvo pavadintos pagal jų evoliucinį ryšį tarpusavyje, įvertinus pagal sekų panašumus ir struktūrą UGT genų šeimos medžiai (Mackenzie ir kt. 1997, 2005b). Kiekvienam genui suteikiamas šaknies simbolis UGT (kursyvu), po to seka arabiškas skaičius, reiškiantis šeimą, raidė pošeimiui ir arabiškas numeris kiekvienam genui toje šeimoje ar pošeimyje. Graužikų genai po pirmosios raidės rašomi mažosiomis raidėmis (pvz. Ugt), kaip rekomenduojama pelių genomo informatikos duomenų bazėje, tačiau visi genų produktai yra didžiosiomis raidėmis (be kursyvo), nepriklausomai nuo rūšies. Ypatingu atveju UGT1A, UGT2A1, ir UGT2A2 genai, kiekvienas 1 egzonas, sujungtas į 2–5 egzonus, laikomas unikaliu genu ir pavadintas UGT1A1, UGT1A2P, UGT1A3, … , UGT1A13P arba UGT2A1, UGT2A2, priklausomai nuo pirmojo egzono padėties, palyginti su bendru egzonų rinkiniu (daugiau informacijos apie genų struktūrą rasite 4.20.3.1 skyriuje). Tačiau, kaip ir daugelis UGT genai buvo pavadinti prieš tai, kai buvo nustatyta jų vieta genome, siekiant išvengti painiavos, buvo išsaugoti jau bendrai naudojami pavadinimai, jei jie laikosi aukščiau siūlomų bendrųjų taisyklių. Nariai UGT2B pošeimį ir UGT2A3 nesidalinkite egzonais ir vadinasi pagal chronologinę jų atradimo tvarką.

UGT genams, kurie yra ortologiniai tarp rūšių, suteikiamas tas pats pavadinimas. Pvz., Graužikų ir primatų UGT1A1 genai yra aiškiai ortologiniai ir todėl turi tą patį pavadinimą, tačiau publikacijose gali būti atskirti pagal priešdėlį, nurodantį rūšį, pavyzdžiui, (PANTR) UGT1A1, (CANFR) UGT1A1 ir (HUMAN) UGT1A1 atitinkamai šimpanzės, šuns ir žmogaus fermentai. Priešdėlis, nurodantis rūšį, yra kilęs iš raidžių kodo, skirto įvairioms rūšims, nustatytas SWISS_PROT. Aleliai žymimi žvaigždute, po kurios seka arabiškas skaičius ir didžiosios romėniškos raidės, sudarytos iš mažiau nei keturių simbolių, kad būtų galima pavadinti alelį (pvz., UGT1A3*7A) pagal UGT alelių pavadinimo svetainėje išvardytus kriterijus. Baltymai, gauti iš alelių, turi laikotarpį tarp geno produkto pavadinimo ir skaičiaus (pvz., UGT1A3.7A). Kai alternatyvūs egzonai yra sujungti, kad susidarytų subrendęs transkriptas, variantų nuorašai žymimi _v1, 2, 3 ir tt (v variantas), o baltymo variantai - _i1, 2, 3 ir tt (i izoformai). Taigi UGT1A1 arba UGT1A1_v1 yra nuorašas, apimantis bendrą 5 egzoną, tuo tarpu UGT1A1_v2 yra nuorašas, kuriame yra 5b egzonas vietoj 5 (arba 5a) egzono. Atitinkami baltymai atitinkamai žymimi UGT1A1 arba UGT1A1_i1 ir UGT1A1_i2.

Remiantis šia nomenklatūros sistema, žinduolių UGT buvo suskirstyti į dvi pagrindines šeimas - UGT1 ir UGT2 (žr. 2 pav ). Apskritai, kiekvienos šeimos nariai turi daugiau nei 45% aminorūgščių tapatumo, bet yra ≤45% identiški alternatyvios šeimos UGT. UGT2 šeima buvo toliau suskirstyta į porūšius, UGT2A ir UGT2B, kurių kiekvienos grupės nariai turi 70% aminorūgščių tapatybę. To date, humans are known to possess 19 functional UGT, as well as nine pseudogenes (possessing at least one incomplete exon) and many gene remnants. The intact human genes include nine members of the UGT1 family (known as UGT1A genes), three UGT2A genes and seven members of the UGT2B subfamily ( Mackenzie ir kt. 1997, 2005b ). The UGTs are members of a broader superfamily of UDP-glycosyltransferases, enzymes that transfer glycosyl groups to lipophilic substances from a variety of UDP sugars. All UDP-glycosyltransferases, including UGTs, share a 44 amino acid characteristic ‘signature sequence’ in their C-terminal half that appears to be involved in the binding of the UDP moiety of the nucleotide sugar ( Mackenzie ir kt. 1997, 2005b ) (see Section 4.20.7.1 ).

2 pav. Dendogram depicting relationships between the primary amino acid sequences of human UGTs. Alignment of the amino acid sequences was performed with Clustal X v1.81 ( Thompson ir kt. 1997 ) and visualization of the dendogram was achieved using TreeView v1.6.6 ( Page 1996 ).